Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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- p -

• p_label : pappso::masschroq::PeptideObservation::Observation
• PappsoException() : pappso::PappsoException
• parameterMapReady() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json, pappso::cbor::psm::PsmFeatures, pappso::cbor::psm::PsmFileAppend, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy, pappso::cbor::psm::PsmIonSeries, pappso::cbor::psm::PsmNewEval, pappso::cbor::psm::PsmSpecGlob, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms
• Parameters() : pappso::LocalSignalToNoiseEstimator::Parameters
• parent : pappso::FilterChargeDeconvolution::DataPointInfo
• parent_frame : pappso::TimsDdaPrecursors::SpectrumDescr
• parentIndex : pappso::spectree::SpecTree::SpecTreeNode
• parse() : pappso::FastaReader, pappso::OboPsiMod, pappso::OboPsiMs, pappso::OboUnimod
• parseDefinitionLabel() : pappso::OboTermForm
• parseFastaFile() : pappso::FastaFileIndexer
• parseFixedModification() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• parseLabeledModification() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• parseLine() : pappso::OboPsiModTerm
• parseMassSpectrumLine() : pappso::BafAsciiMsRunReader
• parseMsRunFilename() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parseNoConstString() : pappso::PeptideProFormaParser, pappso::PeptideStrParser
• parseOnlyOne() : pappso::FastaReader
• parsePeptide() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parsePotentialModification() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• parseProteins() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parseScanNrColumn() : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler
• parseString() : pappso::PeptideProFormaParser, pappso::PeptideStrParser
• parseStringToPeptide() : pappso::PeptideProFormaParser, pappso::PeptideStrParser
• peak : pappso::SimplePeakIonMatch, pappso::specpeptidoms::CorrectionTree
• peak_mz : pappso::specglob::ExperimentalSpectrumDataPoint
• peakChanged() : pappso::MassSpectrumWidget
• peakChangeEvent() : pappso::MassSpectrumWidget
• peakCount : pappso::MassSpectrumLineData
• PeakIonIsotopeMatch() : pappso::PeakIonIsotopeMatch
• PeakIonMatch() : pappso::PeakIonMatch
• peakList : pappso::MassSpectrumLineData
• peaks : pappso::specpeptidoms::Alignment
• peakShapeType : pappso::MassSpectrumLineData
• peakType() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• Peptide() : pappso::masschroq::Peptide, pappso::Peptide
• peptide : pappso::cbor::psm::MzIdentMlReader::MzidPeptideEvidence, pappso::cbor::psm::MzIdentMlReader::SpectrumIdentificationItem
• peptide_len : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• peptide_q : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• peptide_sequence_li : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Psm
• peptideAnnotate() : pappso::MassSpectrumWidget
• PeptideBase() : pappso::masschroq::PeptideBase
• PeptideBuilder() : pappso::PeptideBuilder
• PeptideFixedModificationBuilder() : pappso::PeptideFixedModificationBuilder
• PeptideFragment() : pappso::PeptideFragment
• PeptideFragmentIon() : pappso::PeptideFragmentIon
• PeptideFragmentIonListBase() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• PeptideIsotopeSpectrumMatch() : pappso::PeptideIsotopeSpectrumMatch
• PeptideLabel() : pappso::masschroq::PeptideLabel
• peptideListSize() : pappso::GrpSubGroup
• PeptideMeasurements() : pappso::masschroq::PeptideMeasurements
• PeptideMeasurementsBase() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• PeptideMethioninRemove() : pappso::PeptideMethioninRemove
• PeptideModel() : pappso::specglob::PeptideModel, pappso::specpeptidoms::PeptideModel
• PeptideModificatorBase() : pappso::PeptideModificatorBase
• PeptideModificatorPipeline() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• PeptideModificatorTee() : pappso::PeptideModificatorTee
• PeptideNaturalIsotope() : pappso::PeptideNaturalIsotope
• PeptideNaturalIsotopeAverage() : pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage
• PeptideNaturalIsotopeList() : pappso::PeptideNaturalIsotopeList
• PeptideObservation() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• PeptideProFormaParser : pappso::Peptide
• PeptideRawFragmentMasses() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• PeptideSemiEnzyme() : pappso::PeptideSemiEnzyme
• PeptideSizeFilter() : pappso::PeptideSizeFilter
• PeptideSpectrum() : pappso::specglob::PeptideSpectrum
• PeptideSpectrumMatch() : pappso::PeptideSpectrumMatch
• PeptideVariableModificationBuilder() : pappso::PeptideVariableModificationBuilder
• PeptideVariableModificationReplacement() : pappso::PeptideVariableModificationReplacement
• perfectShiftPossible() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• perfectShiftPossibleEnd() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• perfectShiftPossibleFrom0() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• pick() : pappso::HighResPeakPicker
• plot() : pappso::MassSpectrumWidget, pappso::XicWidget
• plotRangesChangedSignal() : pappso::BasePlotWidget
• plotRangesChangedWheelEventSignal() : pappso::BasePlotWidget
• plottableDestructionRequestedSignal() : pappso::BasePlotWidget
• plottableSelectionChangedSignal() : pappso::BasePlotWidget
• PlotType : pappso::BaseTracePlotWidget
• point : pappso::IntegrationScope
• pointChanged() : pappso::IntegrationScope
• pointerToString() : pappso::Utils
• poisson : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• populateIonMobilityGrid() : pappso::masschroq::Peptide
• populateProteinMapUsingOldProteinMap() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase
• positions : pappso::cbor::psm::PsmCborUtils::PsmProteinRef, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase::PsmProteinRef
• posterior_error : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• postExtractionProcess() : pappso::MsRunXicExtractorInterface
• postProcessingAlign() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• PostTreatment() : pappso::specglob::PostTreatment
• PpmPrecision() : pappso::PpmPrecision
• preciseAlign() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• PrecisionBase() : pappso::PrecisionBase
• precisionChanged() : pappso::PrecisionWidget
• PrecisionFactory : pappso::DaltonPrecision, pappso::PpmPrecision, pappso::ResPrecision
• PrecisionWidget() : pappso::PrecisionWidget
• Precursor() : pappso::masschroq::Precursor
• precursor_id : pappso::TimsDdaPrecursors::SpectrumDescr
• precursor_ion_data : pappso::TimsDdaPrecursors::SpectrumDescr
• precursor_ppm : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• precursorIntensity : pappso::MsRunRetentionTime< T >::PeptideMs2Point
• PrecursorIonData() : pappso::PrecursorIonData
• precursorIonNodesByPrecursorMz() : pappso::MsRunDataSetTreeNode
• precursorList : pappso::cbor::mzcbor::Spectrum
• precursorListCvParamMap : pappso::cbor::mzcbor::Spectrum
• precursorNodeByProductSpectrumIndex() : pappso::MsRunDataSetTree
• precursorNodesByPrecursorMz() : pappso::MsRunDataSetTree
• PrecursorParser() : pappso::masschroq::PrecursorParser
• predicted_mobility : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• predicted_rt : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• prepareCborScanWithSpectrum() : pappso::cbor::psm::PsmCborUtils
• prepareCborScanWithSpectrumAndPeakList() : pappso::cbor::psm::PsmCborUtils
• prepareExtractor() : pappso::MsRunXicExtractorDisk
• prepareMeasurements() : pappso::masschroq::MbrPeptideMeasurements, pappso::masschroq::PeptideMeasurements
• prepareMeasurementsForPeptide() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• preprocessSpectrum() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• previous_column : pappso::specpeptidoms::ScenarioCell
• previous_row : pappso::specpeptidoms::ScenarioCell
• printInfos() : pappso::GrpMapPeptideToSubGroupSet, pappso::GrpPeptideSet, pappso::GrpSubGroupSet
• privAddFixedModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• privAddPotentialModificationString() : pappso::PeptideModificatorPipeline
• privContainsAll() : pappso::GrpPeptideSet
• privMatchIonList() : pappso::PeptideSpectrumMatch
• process() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase, pappso::cbor::psm::PsmFeaturesScan, pappso::cbor::psm::PsmIonSeriesScan, pappso::cbor::psm::PsmSpecGlobScan, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOmsScan, pappso::XtandemSpectrumProcess
• process_group_note() : pappso::WrapTandemResults
• processBufferScan() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess
• processBufferScanDone() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy, pappso::cbor::psm::PsmSpecGlob, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms
• processDriftTime() : pappso::PwizMsRunReader
• processQcborSpectrum() : pappso::cbor::mzcbor::MzcborCopyReplaceBase, pappso::cbor::mzcbor::MzcborPrecursorFinder
• processRetentionTime() : pappso::PwizMsRunReader
• productNodesByPrecursorMz() : pappso::MsRunDataSetTreeNode
• productNodesByPrecursorSpectrumIndex() : pappso::MsRunDataSetTree
• proforma : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Psm
• ProjectParameters() : pappso::ProjectParameters
• protectedExtractXicCoordSPtrList() : pappso::MsRunXicExtractor, pappso::MsRunXicExtractorDisk, pappso::MsRunXicExtractorInterface, pappso::TimsDirectXicExtractor
• Protein() : pappso::masschroq::Protein, pappso::Protein
• protein : pappso::cbor::psm::MzIdentMlReader::MzidPeptideEvidence
• protein_list : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Psm
• protein_q : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Line
• protein_sp : pappso::cbor::psm::MzIdentMlReader::MzidDBSequence, pappso::cbor::psm::PsmProtein
• ProteinIntegerCode() : pappso::ProteinIntegerCode
• proteinMapReady() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms
• ProteinPeptideList() : ProteinPeptideList
• ProteinPresenceAbsenceMatrix() : pappso::ProteinPresenceAbsenceMatrix
• ProteinPresenceAbsenceMatrixElement : pappso::ProteinPresenceAbsenceMatrix
• proteinPtr : pappso::specpeptidoms::Location
• psm_list : pappso::cbor::psm::SageTsvHandler::Scan
• PsmCbor2Json() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json
• PsmFeatures() : pappso::cbor::psm::PsmFeatures, pappso::PsmFeatures
• PsmFeaturesScan() : pappso::cbor::psm::PsmFeaturesScan
• PsmFileAppend() : pappso::cbor::psm::PsmFileAppend
• PsmFileReaderBase() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• PsmFileScanProcess() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess
• PsmFileScanProcessAndCopy() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy
• PsmIonSeries() : pappso::cbor::psm::PsmIonSeries
• PsmIonSeriesScan() : pappso::cbor::psm::PsmIonSeriesScan
• PsmNewEval() : pappso::cbor::psm::PsmNewEval
• PsmProteinMap() : pappso::cbor::psm::PsmProteinMap
• psmReady() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• PsmSpecGlob() : pappso::cbor::psm::PsmSpecGlob
• PsmSpecGlobScan : pappso::cbor::psm::PsmSpecGlob, pappso::cbor::psm::PsmSpecGlobScan
• PsmSpecPeptidOms() : pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms
• PsmSpecPeptidOmsScan : pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOmsScan
• push_back() : pappso::cbor::mzcbor::SpectrumTube, pappso::GrpProtein, pappso::spectree::Bucket
• pushBackIonMasses() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• pushBackIonMz() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• pushBackMatchSpectrum() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• pushBackXicCoordList() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• PwizMsFileReader() : pappso::PwizMsFileReader
• PwizMsRunReader() : pappso::PwizMsRunReader